ナウシカ達は人造人間。巨神兵・オーム・腐海等も人造物。
分かりやすい流れは以下の通り。少し加筆
文明人が戦争を繰り返した結果、大気が汚染されて生きていけないレベルまで深刻化
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「火の7日間」で、巨神兵を使い、文明を焼き払いリスタート
大気の汚染を浄化するために、大気を浄化する菌と蟲を精製（腐海）
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腐海が大気を浄化するまでに数千年はかかるため、文明人は大気が浄化されるまで卵となり眠りにつくことを決めた
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全員が眠ってしまうと眠りを覚ます者がいなくなるため、眠る前に人造人間を精製（将来のナウシカ達）
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眠りから覚めた際、人造人間と争いが起こる可能性があるので、人造人間を浄化された大気では生きていけないように作る
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文明人が眠りについてから数百年後、腐海は順調に世界に侵食
人造人間たちは大気を浄化する腐海が自分達にとって毒であるため、敵視する。更に世界で戦争を続ける ← ここが映画
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ナウシカは世界の戦争と関わる内に、自分達が人造人間であり、大気が浄化されるまでの“つなぎ”の存在だと知る
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納得ができないので文明人が眠る場所を探し当て、皆殺しにする
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現実を知ったナウシカは森でイケメンと子作りして余生を過ごす
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結局、子孫が出来ても、浄化された世界では生きてゆけず人類全滅?

裏設定も何もマンガ読めば普通にわかるだろ